El tamaño y la defensa de sus territorios varían en función de la disponibilidad de alimento y de las oportunidades de reproducción.
Durante el día los machos suelen desplazarse unos 3,3 km y las hembras 1,8 km por sus territorios.
Ambos sexos tienden a desplazarse mayores distancias en la época seca, posiblemente por la mayor escasez de alimento.
Los machos tienen territorios mayores que los de las hembras y aunque estos territorios no se sobreponen con el de otros machos, si lo pueden hacer con los territorios de algunas hembras adultas.
La delimitación del territorio, lo hacen mediante marcaje de orina, excrementos u otro tipo de señales, como rascaduras en árboles o vocalizaciones.
En caso necesario para defender el territorio, pueden llegar al enfrentamiento directo.
Los territorios de los machos alcanzan extensiones hasta de 380 km2, mientras que las hembras ocupan territorios hasta de 134 km2 en promedio.
Cuando el hábitat es óptimo y la densidad de jaguares es alta, los machos ocupan pequeños territorios de aproximadamente entre 30 y 50 km2, mientras que una hembra entre 15 y 25 km2.
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