El pelo de este animal es corto, espeso, suave y
brillante, pero es más largo sobre la garganta, en la parte inferior del
cuello, el pecho y el vientre.
El color puede variar notablemente: el
fundamental es el amarillo rojizo en casi todos los individuos y presenta a su
vez zonas blancas en la región ventral, en la extremidad del hocico y sobre la
cara interna del pabellón auricular. Además, el pelo aparece jaspeado por todo
el cuerpo, en parte por manchas negras, pequeñas, redondas, alargadas e
irregulares, y en parte por otras más grandes de forma anillada y que van del
rojo amarillento al negro y en cuyo interior se encuentran uno o más puntos
negros.
En el dorso las manchas están dispuestas de tal manera que forman una
raya irregular, que en la región del sacro se divide en dos partes: a cada lado
del cuerpo forman rayas longitudinales, más o menos irregulares. Por lo general
la hembra tiene un color característico, más pálido que el del macho.
Los
jaguares negros son muy raros, y sobre su pelaje oscuro apenas se distinguen
las manchas.
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